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  中国疾病预防控制中心研究生教育始于1984年。中心有基础医学、公共卫生与预防医学2个一级学科博士硕士学位授予点,免疫学、病原生物学、放射医学、流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、少儿卫生与妇幼保健学、卫生毒理学等8个二级学科博士硕士学位授予点,以及公共卫生硕士(MPH)专业学位学位授予点,其中病原生物学被评为北京市重点学科。截至2017年3月,现有导师共258人,其中博士生导师76人(含院士5名,其中中科院院士2名、工程院院士3名),硕士生导师154人,MPH 导师28人。在读研究生582人(全日制博士生169人、全日制硕士生275名、在职公共卫生硕士138名)。共授予博士学位812人、硕士学位2203人(其中学术型硕士学位1623人、MPH 学位580人)。中心有基础医学、公共卫生与预防医学2个博士后科研流动站,截至2017年3月,共招收博士后科研人员191人,现在站博士后26人。
  2007年以来与澳大利亚格里菲斯大学合办“中国疾病预防控制精英培养(CDCLP)”奖学金项目,已有五批共计58名公共卫生专业人员赴澳参加学习,其中33人获得了MScPH(格里菲斯大学)硕士学位。2002-2016年,中心共举办国家级继续医学教育项目822项,培训学员近9.6万人次,其中传染病预防控制国家级继续医学教育基地项目132项、培训学员近1.5万人次。2001-2017年,中国现场流行病学培训项目(CFETP)累计招收16 期共331名学员,累计有248名学员毕业;2期西部FETP共招生81名学员,76名学员已毕业。毕业学员成为各级疾控机构的业务骨干。
  

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